監獄に務める看守シナトは、小さい頃から"教典"に記された神の教え――"生まれ変わり"に懐疑的だった。高名な教父とされた前世から神学校に通わされるが、卒業後は反発心からかあえて監獄で働くことを選ぶ。
囚人番号20339番・・・四代目ハローは女性であった。度々規律違反を起こす問題児であり、ひょんなことからシナトは彼女の教戒を担当することとなる。その夜、酒場で飲んでいるシナトと同僚のところへ、法務庁管轄特別部隊"皇憲隊"が現れた。神学校時代のシナトの知人で皇憲隊の大尉であるオレンジマンは、「ちょっとした探しもの」とだけ言い残して去っていく。
数日後、監獄の蔵書を全て都の監獄に移送するという件で書庫の整理を手伝っていたシナトは、本棚の裏から古びた日記のようなものを発見。中身を見たシナトは"皇憲隊"の狙いがこの本なのではないのかと推察するが、事態は想像と違った方向へ、大きく動き出そうとしていた。